Já é possível assistir à série também em versão tridimensional. Para experimentar a tecnologia, basta baixar no smartphone o aplicativo de cada episódio, disponível gratuitamente na loja de aplicativos do Google Play. O usuário pode acessar os apps dos quatro episódios: Revolta da Chibata, Guerra de Canudos, Revolta da Vacina e Revolução Pernambucana.

Os óculos 3D, necessários para assistir a essa versão da série, podem ser montados com base no Google Cardboard, cujo molde e instruções são oferecidos em um manual produzido pela MultiRio. O Mochileiro do Futuro mostra um jovem que volta ao passado após encontrar um par de óculos futuristas. Por meio de imagens e gravações históricas, a produção aborda revoltas populares que ocorreram no Brasil. Os episódios em formato para TV convencional estão disponíveis na Videoteca da MultiRio.