A expansão da colonização não se deteve na conquista do Ceará. Prosseguindo pelos territórios mais ao norte alcançou a área do Maranhão, ponto estratégico devido à proximidade com a foz do Rio Amazonas - porta atlântica de acesso às minas peruanas e motivo de grandes preocupações para a administração filipina.

Felipe II (1556 - 1598) incentivou o avanço dos portugueses em direção àquela área pois, assim, afastava-os do Rio da Prata, o outro acesso às minas peruanas.

As preocupações do monarca procediam, já que a importância do local despertara a atenção da França.

Em 1612, aguçados pelo sucesso da atividade açucareira, comerciantes e nobres franceses se associaram em um empreendimento comercial. Contando com o incentivo do rei, tentaram organizar uma colônia no Brasil, a França Equinocial, em um vasto território ainda não ocupado pelos portugueses - o atual estado do Maranhão.

A expedição francesa, comandada por Daniel de La Touche, fundou o Forte de São Luís, em homenagem ao rei da França, e que deu origem à cidade de São Luís, hoje capital do Maranhão.

Ante a ameaça de perderem parte da sua Colônia, portugueses e espanhóis se uniram para enfrentar os invasores. Após inúmeros combates os franceses renderam-se, desistindo do Maranhão (1615). Entretanto, conseguiram uma indenização que compensava as perdas que entendiam ter tido.

Ciente das dificuldades para a ocupação do Grão-Pará, como a inexistência de caminhos regulares e seguros, a política filipina assumiu como finalidade principal, tanto por meio de ações guerreiras quanto por meio do povoamento, garantir o monopólio ibérico na área. Assim, no Natal de 1615 acontecia uma investida em direção à foz do chamado "Rio das Amazonas", liderada por Francisco Caldeira Castelo Branco, que participara da luta contra os franceses no Maranhão. No início de 1616, cumprindo ordens do governador geral, os colonizadores construíram um forte de madeira, que chamaram de Presépio, origem da atual cidade de Belém. O local, estratégico, permitia controlar qualquer investida estrangeira. Auxiliados pelos índios Tupinambás, construíram uma igreja e algumas habitações, estabelecendo um núcleo inicial de povoamento, o de Nossa Senhora de Belém.