A substituição da mão-de-obra escrava indígena pela africana ocorreu, progressivamente, a partir de 1570. As principais formas de resistência indígena à escravidão foram as guerras, as fugas e a recusa ao trabalho, além da morte de uma parcela significativa deles. Segundo o historiador Boris Fausto, morreram em torno de 60 mil índios, entre os anos de 1562 e 1563. As causas eram doenças contraídas pelo contato com os brancos, especialmente os jesuítas: sarampo, varíola e gripe, para as quais não tinham defesa biológica. Outro fator bastante importante, se não o mais importante, na substituição de mão-de-obra indígena pela africana, era a necessidade de uma melhor organização da produção açucareira, que assumia um papel cada vez mais importante na economia colonial. Para conseguir dar conta dessa expansão e demanda externa, tornou-se necessária uma mão-de-obra cada vez mais especializada, como a dos africanos, que já lidavam com essa atividade nas propriedades dos portugueses, na Ilha da Madeira, litoral da África.

Nessa época, a Coroa começou a tomar medidas contra a escravização dos indígenas, restringindo as situações em que isso poderia ocorrer, como: em "guerras justas", isto é, conflitos considerados necessários à defesa dos colonos, que assim, poderiam aprisionar e escravizar os indígenas, ou ainda a título de punição pela prática da antropofagia. Podia-se escravizá-los, também, como forma de "resgate", isto é, comprando os indígenas aprisionados por tribos inimigas, que estavam prontas a devorá-los.

Ao longo desse processo os portugueses já tinham percebido a maior habilidade dos africanos, tanto no trato com a agricultura em geral, quanto em atividades especializadas, como o fabrico do açúcar e trabalhos com ferro e gado. Além disso havia o fato de que, enquanto os portugueses utilizaram a mão-de-obra indígena, puderam acumular os recursos necessários para comprar os africanos. Essa aquisição era considerada investimento bastante lucrativo, pois os escravos negros tinham um excelente rendimento no trabalho.