As missões e os fortes desempenharam papéis importantes no Vale do Amazonas quanto à expansão territorial e a conseqüente colonização. Contribuíram para fixar marcos da penetração portuguesa naquele território disputado por outros povos.

Em 1669 ergueu-se o forte de São José do Rio Negro, evitando que espanhóis descessem pelo Rio Amazonas. Os fortes do Paru e Macapá, fundados em 1685, visavam impedir a passagem dos franceses da Guiana.

As ordens religiosas chegaram em épocas diferentes à região. Por exemplo: os carmelitas, em 1627, e os jesuítas, em 1636. Deparavam-se, porém, com os mesmos obstáculos como a competição entre os colonos e entre as próprias ordens religiosas pelo "direito de administrar o indígena", visto tanto como mão-de-obra quanto como fiel servo de Deus.

A disputa acirrada entre as ordens exigiu a intervenção governamental.

Na tentativa de resolver esta contenda, que envolvia também a ocupação do Vale Amazônico, inúmeras Cartas Régias fixaram as áreas de atuação das ordens. Os franciscanos de Santo Antônio receberam as missões do Cabo do Norte, Marajó e Norte do Rio Amazonas; à Companhia de Jesus couberam as dos Rios Tocantins, Xingu, Tapajós e Madeira; os franciscanos ficaram com as da Piedade e do Baixo Amazonas, tendo como centro Gurupá; os mercedários com as do Urubu, Anibá, Uatumã e trechos do Baixo Amazonas; e os carmelitas com as dos Rios Negro, Branco e Solimões.

Nos anos finais do século XVII as missões religiosas cobriam grande parte do espaço que viria a constituir a atual região amazônica brasileira.

O papel do indígena na ocupação do Vale do Amazonas era de extrema importância. Não se dava um passo sem ele, pois conhecia o território, sabendo se movimentar naquela área desconhecida pelo europeu.

Os nativos eram os guias pela floresta ou pelos rios. Canoeiros, conduziam as embarcações nas longas expedições fortemente escoltadas, em meio a milhares de quilômetros, pelos cursos emaranhados d'água. Eram também caçadores, identificando a variada fauna, e coletores das "drogas do sertão", pois conheciam como ninguém a flora local.

A coleta se organizou no Vale sob a coordenação dos missionários. Os padres, que monopolizavam o trabalho indígena, usavam um artifício para que os nativos extraíssem elementos da flora em grande quantidade. Alegavam que, além das partes destinadas aos adultos, aos velhos e às crianças, deveriam extrair outra, destinada a Tupã. Esta fração - "Tupã baê" - acumulada nos depósitos das missões, era, posteriormente, exportada para a Europa onde seria comercializada com grande lucro.

Conduzido pelos nativos, o "homem branco" penetrava pelo coração pulsante da mata espessa, formada por imenso e heterogêneo verde, onde não bastava querer para efetivamente ocupar. Era uma tarefa complexa, em meio a terrenos submetidos a chuvas constantes que provocavam um aumento no nível das águas que, por sua vez, arrastavam e deslocavam grandes porções de terra próximas aos cursos dos rios. Por conta disto, a exploração detinha-se no que a floresta oferecia e possibilitava espontaneamente.

O isolamento de alguma canoa significava extremo risco; por isto, iam em grupos pelos igarapés, sob a copa de árvores gigantes, geralmente de folhas largas, cercados pelo silêncio cortado pelo zumbido dos insetos e pelo canto das aves. Assim, pouco a pouco, estes aventureiros divisavam, no lusco-fusco da floresta equatorial, um vale repleto de diferentes espécies animais e vegetais vivendo em equilíbrio.

Pelos cursos d'água - "estradas líquidas", segundo o historiador Caio Prado Júnior -, vias de comunicação natural, iam sendo coletadas especiarias diversas, aproveitadas e utilizadas no comércio: plantas alimentícias e aromáticas como cravo, canela, castanha dita do Maranhão, salsaparrilha, cacau etc. Também eram extraídas madeiras valiosas e produtos de origem animal, desconhecidos, como uma espécie de óleo utilizado na alimentação e na iluminação, obtido dos ovos da tartaruga, ou o "manacuru" (peixe-boi), exportado salgado e seco.

A colonização que ali se impôs, portanto, fundamentou-se nas atividades extrativas, compondo um sistema original e peculiar que constituiu e marcou a vida econômica da região.