Em 1530, com o propósito de realizar uma política de colonização efetiva, Dom João III, "O Colonizador", organizou uma expedição ao Brasil. A esquadra de cinco embarcações, bem armada e aparelhada, reunia quatrocentos colonos e tripulantes. Comandada por Martim Afonso de Sousa, tinha uma tríplice missão: combater os traficantes franceses, penetrar nas terras na direção do Rio da Prata para procurar metais preciosos e, ainda, estabelecer núcleos de povoamento no litoral. Portanto, iniciar o povoamento do "grande desertão", as terras brasileiras. Para isto traziam ferramentas, sementes, mudas de plantas e animais domésticos.

Martim Afonso possuía amplos poderes. Designado capitão - mor da esquadra e do território descoberto, deveria fundar núcleos de povoamento, exercer justiça civil e criminal, tomar posse das terras em nome do rei, nomear funcionários e distribuir sesmarias.

Durante dois anos o Capitão percorreu o litoral, armazenando importantes conhecimentos geográficos. Ao chegar no litoral pernambucano, em 1531, conseguiu tomar três naus francesas carregadas de pau-brasil. Dali dirigiu-se para o sul da região, indo até a foz do Rio da Prata. Fundou a primeira vila da América portuguesa: São Vicente, localizada no litoral paulista. Ali distribuiu lotes de terras aos novos habitantes, além de dar início à plantação de cana-de-açúcar. Montou o primeiro engenho da Colônia, o "Engenho do Governador", situado no centro da ilha de São Vicente, região do atual estado de São Paulo.

Diogo Álvares Correa, o Caramuru, João Ramalho e Antônio Rodrigues facilitaram bastante a missão colonizadora da expedição de Martim Afonso. Eram intérpretes junto aos índios e forneciam valiosas informações sobre a terra e seus habitantes. Antes de retornar a Portugal, ainda em 1532, o Capitão recebeu carta do rei Dom João III. Este falava de sua intenção de implantar o sistema de capitanias hereditárias e de designar Martim Afonso e seu irmão Pero Lopes de Sousa como donatários.

Enquanto Portugal reorganizava sua política para estabelecer uma ocupação efetiva no litoral brasileiro, os espanhóis impunham sua conquista na América, chegando quase à exterminação dos grupos indígenas: os astecas, no atual México, os maias, na América Central e os incas, no atual Peru.