A maior parte das tarefas extrativas cabia aos nativos. Entretanto, recrutar esta mão-de-obra não era tarefa simples.

Uma outra forma de captura eram os "descimentos", ou seja, expedições nas quais os índios, tidos pelos religiosos como "bravos", eram conduzidos para serem aldeados. Isto significava receber os ensinamentos da fé cristã e habituar-se ao trabalho sedentário. Nas missões religiosas localizadas no Vale Amazônico os nativos vistos como fiéis eram aculturados e doutrinados sob a vigilante proteção dos jesuítas. Desta forma desestruturavam-se os valores, os hábitos e os costumes dos nativos.

Relatos da época revelam como o contato destes grupos com o europeu comprometeu, além da sua identidade cultural sua integridade física, pois eram atingidos por doenças para as quais não tinham defesas ou imunidades.

Dentro do vasto território que compreendia o Estado do Maranhão, além do Vale Amazônico, onde predominava a atividade extrativa, existia a capitania do Maranhão, potencialmente agrícola, sobrevivendo já há algum tempo da lavoura de subsistência, de algum açúcar e de gado. Ainda no decorrer do século XVII iniciou-se ali a produção do tabaco e do algodão.

Entretanto os proprietários enfrentavam dificuldades para obter a mão-de-obra necessária. Como os recursos destinados à compra dos escravos africanos não eram suficientes para garantir um abastecimento regular, os colonos justificavam e persistiam no apresamento e na escravização dos indígenas.

Esta atitude gerava desentendimentos com os missionários, especialmente os jesuítas que, em 1665, conseguiram um Alvará Régio que colocava os índios da região sob a sua autoridade exclusiva.

Os protestos dos colonos se espalharam. Entre 1660 e 1661, em São Luís e Belém, ocorreram revoltas contra os jesuítas. Os conflitos prosseguiram sem solução nas décadas seguintes. Ao contrário: a situação agravava-se pela disputa entre as ordens religiosas, e pela pobreza da população do Estado do Maranhão. Também a falta de uma moeda circulante contribuía para aumentar a crise. Na época, naquela região, sementes de cacau e novelos de algodão chegavam a ser utilizados com tal finalidade.

A Lei de 1º de abril de 1680 determinou a abolição da escravidão indígena, sem qualquer exceção, delimitando, mais adiante, as respectivas áreas de atuação das diversas ordens religiosas.

Neste embate, que envolvia o indígena, teve relevo a ação desenvolvida pelo padre Antonio Vieira (1608 / 1697). Na década de 1650, sendo o superior das missões jesuíticas do Estado do Maranhão, implantou as bases do trabalho missionário como batizar, pregar, educar nos padrões da cultura portuguesa e das regras estabelecidas pelo Concílio de Trento (1545 / 1563).

O governo português, tentando contornar os problemas decorrentes da proibição da escravidão dos indígena optou pela criação, em 1682, de uma companhia que teria, durante vinte anos, o monopólio comercial da região. A Companhia Geral de Comércio do Estado do Maranhão possuía o direito exclusivo de comercialização dos produtos locais. Competia a ela, também, a importação de produtos como o vinho, o azeite de oliva, tecidos etc. Por outro lado, na tentativa de resolver o problema da mão-de-obra escrava para abastecer a região, a Companhia deveria fornecer 10 mil escravos africanos, numa média de 500 por ano, a preço fixo.

Os comerciantes locais sentiam-se prejudicados por esse monopólio da Companhia. Os proprietários rurais entendiam que o preço oferecido pelos seus produtos era insuficiente. Os apresadores de índios, contrariados, reclamavam da aplicação das leis que proibiam a escravidão dos nativos. A população, em geral, protestava contra a irregularidade do abastecimento e dos altos preços de produtos como tecidos, bebidas e alimentos muitas vezes estragados.